Perso, je l'ai toujours fait : demandé aux élèves de mettre leur croix ou médaille sous le pull, officiellement parce que :
1 - les objets de valeur sont interdits à l'école (cf notre règlement)
2 - ils peuvent présenter un danger lors de certaines activités.
mais surtout, officieusement, parce que je trouve que les signes religieux n'ont rien à faire dans une classe.
Il m'est aussi arrivé de demander à une atsem de glisser la croix (fort peu discrète) qu'elle portait, sous son pull. S'il s'était agi d'un(e) collègue, je n'aurais pu l'exiger, mais nous en aurions parlé.
Pour qu'il n'y ait pas de confusion, je parle bien ici de personnel avec charge éducative, pas de parents.